1178 Erstmals wurde der Name St.Peterzell als «cella sancti Petri» in einer Urkunde erwähnt. Der Begriff «cella» legte die klösterlich-geistliche Verankerung nahe, mindestens in Form einer Eremitensiedlung, später der Benediktinerpropstei.
Die geistliche Niederlassung St.Peterzell wurde, gemäss Überlieferung, durch die Edlen von Illnau gegründet. Die Edlen von Illnau traten bereits im 11. Jahrhundert im Toggenburg in Erscheinung. Es entstand ein Besitz- und Abhängigkeitsverhältnis zwischen dem Benediktinerkloster (Alt) St.Johann und dem 1214 als Kloster bezeichneten St.Peterzell. In den 1220er-Jahren erhielt sie nur noch den Rang einer Propstei und unterstand als Priorat der Abtei (Alt) St.Johann.
1227 Der Name der klösterlichen Einrichtung wurde auf den Ort übertragen.
1555 An der Seite des Benediktinerklosters St.Johann erhielt St.Peterzell einen Sonderstatus. Dieser überdauerte das Jahr 1555, als das Kloster St.Johann und mit diesem St.Peterzell der Abtei St.Gallen einverleibt wurde. Der Sonderstatus lebt weiter in der Bezeichnung «Propstei».
1763 Neuerbauung der Propstei, bis 1805 diente sie als Priorat. Mit der Stellung des Propstes verbunden war zu jener Zeit eine bescheidenere Verwaltungs- und eine bedeutende seelsorgliche Aufgabe.
1805 Nach der Aufhebung des Klosters St.Gallen entgingen die Kirchengüter durch geschickte Politik von Franz Carl Falck der Beschlagnahmung durch die Instanzen der Mediation und des jungen Kantons St.Gallen.